Cơ cấu kinh tế của thành phố Phúc Yên được xác định là: công nghiệp-dịch vụ, du lịch – nông, lâm nghiệp.

Thành phố Phúc Yên có nhiều tiềm năng, lợi thế để thu hút đầu tư phát triển kinh tế xã hội.Kinh tế trên địa bàn luôn đạt mức tăng trưởng cao, 5 năm gần đây bình quân tăng 23,05%/năm, trong đó, công nghiệp tăng 21,78%; dịch vụ tăng 25,57%; nông nghiệp tăng 5,37%/năm. Tốc độ tăng trưởng kinh tế của thành phố luôn cao hơn mức bình quân chung của tỉnh. Cơ cấu kinh tế của thành phố trong những năm vừa qua chuyển biến theo hướng tích cực, có sự chuyển dịch phù hợp với xu thế chungcủa toàn tỉnh, tăng tỷ trọng ngành công nghiệp và dịch vụ, giảm dần tỷ trọng ngành nông nghiệp. Năm 2013, Thương mại- Dịch vụ: 7,44%; Côngnghiệp - xây dựng: 92,23%; Nông, lâm nghiệp: 0,51%; Tỷ trọng công nghiệp - xây dựng và thương mại - dịch vụ - du lịch trong cơ cấu kinh tế là 99,51%. Tổng thu ngân sách các thành phần kinh tế trên địa bàn chiếm trên 2/3 tổng thu Ngân sách của tỉnh Vĩnh Phúc. Thành phố Phúc Yên luôn xứng đáng là vùng trọng điểm kinh tế, là đầu tàu kinh tế của Vĩnh Phúc.